Jerry M. wrote:

J'ai une enzyme qui te produit -entre autres- du pGp et du pGpG à
partir de GTP et je te la vends pas trop cher mon ami, ça t'intéresse?
;-)

Pour le moment, je pars sur l'option pCp / ARN ligase, puis CIP. Avec ton enzyme, j'aurais aussi deux réaction à faire (GTP -> pGpG, puis ligase), donc ça ne me simplifie pas le schmilblick. Ceci dit, merci beaucoup :)

  a) marquer ton oligoribonucléotide?

5'OH-NNNNNNNNNN-3'OH +pCp->
5'OH-NNNNNNNNNNp*C-3'p -> (CIP)
5'OH-NNNNNNNNNNp*C-3'OH

  b) liguer ton oligoribonucléotide à quelque chose d'autre?

5'OH-NNNNNNNNNNp*C-3'OH + 5'p-XXXXXXXXXXXXXXXXXX-3'OH ->
5'OH-NNNNNNNNNNNNNNp*CpXXXXXXXXXXXXXXXXXX3'OH

et voir un bô shift sur un gel d'acryl, avant de passer à un truc plus compliqué.

  ...nnnnn-OH3' + 5'P*-NNNNNNNNN-OH3' ---> ...nnnnnP*NNNNNNNNN-OH3'

Non?

Evidemment, tu auras aussi inévitablement d'autres ligations non
voulues, comme toujours, mais si c'est vraiment important le produit
désiré pourra toujours être purifié par la suite, par HPLC, par PAGE
ou par n'importe quoi d'autre...

En fait, je fais une mise au point de protocole. Je vais jouer sur beaucoup paramètres, et je n'arriverai pas à mes fins si je ne contrôle pas quel est le produit final. Le protocole final n'a pas vocation à être radioactif, et je voudrais rester avec du 5'OH pendant la mise au point.

Oui sans doute, il y a de sacrés traffics qui se font entre compagnies
avec les produits rares et exotiques.

Ne m'en parle pas. J'ai acheté un ribo-oligo en Europe, qui a mis 30 jours à venir jusque chez moi (au Japon). En fait, la boite européenne a renvoyé la demande à sa division Asie, en Inde, qui a acheté l'oligo aux USA, qui l'ont envoyé en Inde, qui me l'a revendu et renvoyé au Japon. Si j'avais su, j'aurai acheté directement aux USA, mais pas moyens de distinguer ce qui est réellement fait de ce qui est sous-traité...

--
Charles