On Wed, 19 Jan 2005 22:15:17 +0900, Charles Plessy
<p-l-e-s-s-y-RemoveDashes@riken.jp> wrote:

Bonjour à tous,

je souhaite radiomarquer un ribo-oligonucléotide, avec pour
condition expresse qu'il ne soit phopsphorylé ni en 5' ni en 3'.

Je m'apprête donc à commander du 5'32P pCp, et le lier à
l'arrière de mon oligo avec l'ARN ligase du phage T4.

Pourquoi pCp? Ca existe? Combien ça coûte?

Cependant, pour me débarrasser du 3'p, je vais devoir
utiliser une 3' phosphatase, et j'ai un peu peur qu'il y ait une
activité 5' kinase résiduelle.

En principe et à cause de la façon dont les oligos sont synthétisés,
en sens opposé au biologique (3' -> 5'), il n'y a généralement pas de
phosphorylation en 5' mais un -OH (sauf modification intentionnelle et
postérieure à la synthèse). Une bonne explication du pricipe se trouve
ici: http://tinyurl.com/ypwb4

Jamais entendu parler d'un oligo phosphorylé en 3' par contre...

Ton oligo devrait donc être prêt à l'emploi, tu peux le marquer sans
problème avec du 5'32P-ATP et de la T4 polynucleotide kinase, comme
tout le monde, non?

Ma question est donc, connaissez-vous un autre substrat que
le pCp, genre pNpN, qui serait vendu par un quelconque fournisseur ?

Il me semble qu'on pouvait trouver ce genre de bizarreries chez
http://www.tebu-bio.com, mais je me demande si c'est bien ce dont tu
as besoin...

  JM