On 2 Jun 2004 23:54:06 -0700
yean0693@hotmail.com (yeannot) wrote:

c'est la quantité de données en entrée qui est astronomique !

  Quelle est leur taille?
  Avant de porter ton choix sur du Linux/x86, il faut savoir qu'en
32 bits, tu ne pourras pas dépasser 4 Go par processus en RAM. Est-ce
suffisant pour ton usage?

  Je ne sais pas du tout de quoi sont capables les processeurs AMD et
Intel en 64 bits, sous Linux.

Je pense à l'acquisition d'une station de travail bi-processeurs linux

  Le matériel courant (disons « particulier amélioré ») a l'avantage
d'être très peu cher. Pour les besoin d'une petite équipe de biologistes,
ça peut être suffisant.
  Mais si tu dois aligner des centaines de milliers de séquences, il te
faudra plus gros...

avec un système d'écriture et lecture des disques rapide.

  Le SCSI, c'est cher, mais c'est bien!
  Ne mégote pas non plus sur la RAM. Même pour de petits calculs, 4 Go, ça
paraît raisonnable (histoire de pouvoir monter plusieurs banques BLAST en
mémoire en même temps).

Je souhaiterai bénéficier de l'expérience d'heureux possesseurs de
station de travail dédiée aux traitements bioinformatiques

  En fait, pour ce genre de calculs, on utilise rarement des « stations de
travail », mais plutôt de vrais serveurs, qui sont gérés comme tels
(personne ne travaille physiquement dessus, et il y a de vrais
administrateurs qui s'en occupent).


  As-tu considéré la possibilité d'utiliser les ressources d'un centre de
calcul distant?
  Si tu es dans un labo public français, regarde du côté d'Infobiogen. Tu
peux t'y faire ouvrir un compte Unix, et tu auras à portée de shell plus
de puissance que n'importe quel labo indépendant ne pourra t'en offrir
(sauf au CEA).


http://www.infobiogen.fr/

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Jérémy JUST  <jeremy_just@netcourrier.com>