Jerry M wrote:
Il faut revenir au post initial qui disait:
"J'ai essayé de regarder du côté de me-PCR
(http://genome.chop.edu/mePCR/),mais la page
de man dit que toute la séquence est chargée
en RAM"
La page man se trouve ici: http://genome.chop.edu/mePCR/me-PCR.html.
Il est effectivement écrit "me-PCR uses a lot of memory; the entire FASTA
file, STS file, and hash table are stored in memory" et encore "Try not to
exceed your computer's physical memory; otherwise, performance may be
unacceptable, even to the point of inoperability". C'est proprement
scandaleux, charger tout ça en mémoire rien que pour vérifier la
spécificité d'amorces, c'est franchement très très peu élégant...
(...)
Bon d'accord, si le "PC de bureau" en question a quelques Gb de RAM ou une
bonne tranche du disque dur mise en mémoire virtuelle, ça devrait bien
faire l'affaire, aussi inélégante soit-elle.
La page de man dit bien «physical memory» je suppose que ça ne concerne donc
pas la swap (mémopire virtuelle).
charles:[Zv3]$ ls -lh Zv3.supercontigs.fa
-rw-r--r-- 1 admin bioinfo 1,4G 2003-12-04 15:46
Zv3.supercontigs.fa
Damned, mon PC utilise de la RD-RAM :(
--
Charles
