On Thu, 6 May 2004 09:03:30 +0200, "Seb" <seb@invalid.com> wrote:

Jerry M wrote:

In article <4098f910$0$431$636a15ce@news.free.fr>,

Et d'ailleurs, vous semblez totalement ignorer les inconvénients
-sans parler du manque total d'élégance- qu'implique le fait de
devoir charger un genome entier dans la RAM.

Pourquoi le charger en mémoire alors que des serveurs spécifiques
au poisson zèbre sont disponibles (blast, probablement entre autre)?

Il faut revenir au post initial qui disait:

       "J'ai essayé de regarder du côté de me-PCR
       (http://genome.chop.edu/mePCR/),mais la page
       de man dit que toute la séquence est chargée
       en RAM"

La page man se trouve ici: http://genome.chop.edu/mePCR/me-PCR.html.
Il est effectivement écrit "me-PCR uses a lot of memory; the entire FASTA
file, STS file, and hash table are stored in memory" et encore "Try not to
exceed your computer's physical memory; otherwise, performance may be
unacceptable, even to the point of inoperability". C'est proprement
scandaleux, charger tout ça en mémoire rien que pour vérifier la
spécificité d'amorces, c'est franchement très très peu élégant...

Mais heureusement d'autres programmes font aussi très bien le job en étant
plus modestes. Effectivement il y a BLAST, mais mieux encore, FASTA (plus
lent, mais meilleur avec des séquences très courtes, et qui de plus permet
l'utilisation de bases ambigües, ce qui est parfois très pratique).

De plus, rien ne dit que Charles Plessy ne dispose pas de ressources
nécessaires pour travailler en local sur le génome du poisson zèbre.

Encore une fois, il faut revenir au post initial qui disait:

       "toute la séquence est chargée en RAM => pas
       bon avec un génome sur un PC de bureau".

Bon d'accord, si le "PC de bureau" en question a quelques Gb de RAM ou une
bonne tranche du disque dur mise en mémoire virtuelle, ça devrait bien
faire l'affaire, aussi inélégante soit-elle.

Sinon, c'est vrai que même sur un ordi vieux de 10 ans ou plus et avec très
peu de RAM on devrait parfaitement arriver à faire tourner BLAST ou FASTA
de façon plus ou moins convenable (temps de prendre le café plus ou moins
long).

Ceci dit, je n'y connais rien aux poissons, encore moins aux zèbres. Alors
vous pensez, leurs hybrides...

  JM
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