yeannot wrote:

Bonjour,
est-il possible qu'un EST ait été obtenu à partir d'un RNA non-mature
? Il me semble que la synthèse d'un cDNA nécessite une amorce ne
pouvant s'apparier qu'au niveau de la queue poly-A 3' des RNA matures.
Existe-il d'autres amorces permettant d'autres types d'appariemments
avec des RNA non-matures menant à l'obtention d'EST présentant des
introns dans leur séquence ?

Merci

Bonjour,

Un des grands classique de la synthèse de cDNA est d'utiliser des randoms
hexamers (petite amorces nucléotidiques composées de 6 bases dans un
ordre aléatoire). Donc à partir de ce moment là il peut y avoir des cDNA
amplifiés à partir d'ARN incomplet et c'est sacrément pratique. Ca
perment aussi d'obtenir la partie 5' de longs ARN qu'il serait difficile
d'obtenir autrement (avec une amorce polydT par exemple).

Il y a aussi autre chose. Ce n'est pas parcequ'il y a un intron dans un
EST ou un ARN qu'il n'est pas mature. On dit qu'il y a un défaut
d'épissage. Certains gène comme le récepteur CCK (cholecistochinine, je
suis pas sur de l'orthographe), la sous-unité epsilon des récepteurs
GABA-A, ou la sous-unité alpha 10 du récepteur nicotinique, présentent un
défaut d'épissage dans certains tissus. Il reste donc un intron dans ces
ARN dans certains tissus. Cet intron est souvent localisé dans la partie
5' de l'ARN est conduit à un arret prématuré de la traduction. Il semble
donc que ce mécanisme puisse être une voie de régulation de la synthèse
protéique.
Même si celà parait abhérant par rapport à le dépense énergétique, à
regarder de plus près ce n'est pas si défavorable que ça puisque le
promoteur est le même que d'autres récepteur de la même famille, et il
est donc inutile d'utiliser (synthétiser) des protéines de régulation de
la transcription.

En espérant avoir aidé.

Toutefois, je dois préciser que le role du défaut d'épissage reste encore
très débattu et je n'ai présenté ici qu'une hypothèse.

A+

Eric -- qui a eu le problème lors d'un clonage --