Sujet: Besoin aide BioPerl : chips.pm et geecee.pm (EMBOSS)
De: ctemp1 (l' arobase) free.fr (C. Tobini)
Groupes: fr.bio.logiciel
Organisation: http://groups.google.com
Date: 03. Jun 2004, 10:29:05
Bonjour,
J'ai un petit problème avec 2 packages de BioPerl : geecee.pl et
chips.pm (EMBOSS).
En fait je ne trouve pas la documentation très accessible, il n'y a
aucun exemple.
Voici les packages à inclure dans le code :
use Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise;
my $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise->new();
my $chips = $factory->program('chips');
La manière d'utiliser geecee.pm et chips.pm sont identiques, mais sans
exemple je ne vois pas comment les utiliser (travailler sur un fichier
ou une séquence directement).
Pour indication, voici la page de documentation de chips :
http://search.cpan.org/~birney/bioperl-run-1.4/Bio/Tools/Run/PiseApplication/chips.pm
Merci si vous pouvez m'aider.
C. Tobini
